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可以运行Schrödinger(薛定谔)软件的软硬件系统要求

时间:2024-07-05 16:07:52   来源:UltraLAB图形工作站方案网站   人气:15324 作者:管理员

支持的操作系统   Windows、苹果电脑、Linux

Windows 11    版本 22H2   版本 21H2

Windows 10   版本 22H2   版本 21H2

注意:我们支持英语以及西班牙语、法语、德语和日语的操作系统的国际化版本。
所有依赖于 Desmond 的工作流在 Windows 或 Mac 平台上都不受支持,它们只能在 Linux 上运行。这包括分子动力学、IFD-MD、FEP+、WaterMap 和许多材料科学工作流程。

GPU 上的 Active Learning Glide 和 DeepAutoQSAR 等 GPU 机器学习应用程序只能在 Linux 上运行。

 

时间线

我们的目标是在公开发布 3 个月后为新操作系统版本提供支持。

一旦操作系统平台版本达到“生命周期结束”(EOL),就无法提供支持。请咨询您的平台提供商以获取 EOL 信息。


 

硬件要求

  必填 强烈推荐
处理器 (CPU)

x86_64兼容处理器

(支持 Apple 芯片 M 系列处理器)

对于大型作业,建议使用以下硬件组件在具有排队系统的群集上进行计算:

  • 用于外部网络的功能强大的文件服务器。

  • 群集内网络的共享存储,以减少进出外部网络的流量。

  • 快速处理器、大内存、高质量主板和网络接口,尤其是在管理节点上。

系统内存 (RAM) 每个内核 4 GB 内存  
磁盘空间 18 GB 磁盘空间用于软件安装;400-500 GB(如果还安装了数据库)(PDB、BLAST 等)

运行作业的最小暂存盘空间为 60 GB

更快的本地磁盘访问速度对于读取大量数据的作业非常重要。例如,使用 SSD、具有更高速度(例如 10000 rpm)的磁盘或使用多个控制器和条带化的磁盘阵列可能是有益的。

对于临时存储(或经常使用的数据),本地磁盘优先于网络磁盘,因为网络磁盘受网络访问、带宽和网络流量的影响。

在家工作的要求

 


 

要查看可能需要 IT 团队进行更改的即将到来的基础设施项目列表,请单击此处。

 


 

可视化以及与 Maestro 交互的额外注意事项

显卡   我们建议使用支持硬件加速 OpenGL 的显卡,该显卡具有至少 1GB 的板载内存和供应商提供的最新显卡驱动程序。

网络文件共享   不建议使用通过 CIFS (Samba) 挂载的网络文件共享,因为 Maestro 项目使用的 SQLite 数据库具有通常不可用的锁定依赖关系。

鼠标  我们建议使用带滚轮的 3 键鼠标。

3D立体显示  对于 3D 立体显示器,我们推荐 Looking Glass 显示器。

 


 

GPGPU 要求

(图形处理单元上的通用计算)

下面列出了 Desmond、Deep AutoQSAR、FEP+、GPU Shape 和 WaterMap 的 GPU 计算要求。

Jaguar、Active Learning 和其他产品的要求可以在下面的各个页面上找到。

 

我们支持以下 NVIDIA 解决方案:

Achritecture 服务器/高性能计算 工作站
Maxwell

Tesla M40

Telsa M60


Pascal

Tesla P40

Tesla P100

Quadro P5000
Volt

Tesla V100

 

Turing

Tesla T4

Quadro RTX 5000 

Amper

Tesla A100

RTX A4000

RTX A5000

注意   不推荐使用 Tesla K20、Tesla K40 和 Tesla K80 卡。虽然我们仍然希望我们的 GPGPU 代码能够运行,但 NVIDIA 已在 CUDA 11.2 工具包中弃用了对这些卡的支持。

笔记

  • 我们仅支持这些卡的 NVIDIA“推荐/认证”Linux 驱动程序,最低 CUDA 版本为 11.2。

  • 有关预配置的 Schrödinger 兼容 GPU 盒的信息,请参阅 MD 兼容系统和 FEP+ 兼容系统。

  • 标准支持不包括消费级 GPU 卡,例如 GeForce GTX 卡。

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